大教堂属于天堂层，对应的最终BOSS是人物自身的镜像也就是以撒，想进入这一层需要先打通第八层的妈心关卡，而且在击败妈心后选择进入天堂途径而非地狱。游戏流程中第六层固定是妈腿而第八层则是妈心，人物需要从第一层开始逐步推进，通过清理房间、收集道具强化自身，同时注意积累钥匙和炸弹等资源。这里有个决定因素点：在击败妈心前，尽量通过献祭或特定道具开始天使房而非恶魔房。

每开始一次天使房会增加后续进入天堂途径的概率，如果人物在前几层成功开始三次天使房，击败妈心后大概率会出现通往天堂的光柱，靠近光柱即可传送至大教堂。进入大教堂后地形和其他层类似，但房间的整体布局更复杂且敌人也更难缠，主推人物优先清理小怪避免同时触发多个精英怪的围攻。大教堂的BOSS战分为两个阶段，第一阶段以撒会蜷缩在地面发射泪弹，弹幕密度中等但攻击范围呈扇形扩散。此时提议人物保持移动斜给走位躲避弹道，同时一直用平A不要停连续输出。

当以撒血量降至一半时他会飞升至空中进入第二阶段，攻击方法变为召唤光柱和旋转泪弹，这些光柱会追踪人物位置，对付这一招需要自己不停的横移来避开。旋转泪弹则需贴近或远离BOSS，接着尽量利用弹道的间隙进行反击。这一阶段以撒的防御力降低但攻击频率更高，提议保留高爆发道具如炸弹或主动技能在此时运用。

战斗中如果人物不慎受伤，可以尝试寻找房间内的红心掉落或隐藏房，大教堂的隐藏房一般来讲都存在于地图的边缘，或者是那种有着对称布局的中间区域，在看到的时候直接用炸弹炸开可疑墙壁也许获取额外补给。除了这些之后若人物携带圣心或神圣斗篷等道具，那么就可以让战斗难度下降到壹个很舒服的程度。最后提醒一点大教堂的进入条件和人物当前解开的大结局进度相关，如果第一次通关时选择进入地狱而非天堂，那么就需要从头挑战妈心并达到了天使房需要的条件才能打开通道。