随着自己势力的进步，占领的城市内也许会出现流寇，玩家要及时把这些流寇清理掉由于它不会自动消失。在清理流寇时会显示流寇的等级，等级越高战胜的难度越大同时可以得到的钱粮也会增加，而且还能得到一些独特资源。如果长时刻不管流寇，那么流寇的实力会不断增加，等到后面再去打会相对难打赢，就算打赢也会损失很多的兵甲。然而如果刚打下壹个城市里面就出现了流寇，那么流寇的实力不会增加，随着实力增加带来的钱粮也不会有变化。

在攻打流寇时只能派出很少的出征部队，因此战斗中的军规是有限的，想要打赢流寇就只能提高战力了。军规很少会让出征消耗的钱粮也跟着减少，同时省掉了中途的行军时刻，军队可以立即到达并和流寇战斗。如果前期不缺资源的话可以先不用管流寇，等到中后期缺少钱粮时再去打，这时它可以缓解出现的财政赤字。当然如果带入的名臣需要靠攻打流寇来强化政策效果的话就要立即行动了，每局里面出现的流寇次数有限。

在攻打流寇时也要合理地布局不要小看它们，战败的话不仅没有收获还会浪费兵甲。在战斗时要根据地形调整运用的卡牌和兵种，同时确保我方的战力比流寇高，这样战斗后损失的兵甲会少些。在运用卡牌和兵法时要把一次性地留着，由于把它们给流寇用不划算，提议留到重要战斗里运用。